ในยุคโทกูงาวะศาสนาพุทธได้รับการทำนุบำรุงจนเจริญรุ่งเรืองยิ่งกว่าศาสนาใด ๆ แต่เมื่อเข้าสู่ยุคเมจิการปฏิรูปที่ชูสถาบันจักรพรรดิเป็นธงนำถูกครอบงำด้วยลัทธิชาตินิยมอย่างมาก จึงมีความพยายามที่จะแยกลัทธิชินโตออกจากศาสนาพุทธด้วยเห็นว่าเป็นของนำเข้าจากต่างชาติไม่ต่างไปจากศาสนาคริสต์ และยังเป็นสถาบันที่แนบแน่นกับสถาบันโชกุนอย่างแยกไม่ออก
ศาสนาพุทธและชาวพุทธจึงถูกกดขี่อย่างหนักจากรัฐบาลใหม่ ผู้นำศาสนาพุทธในยุคนั้นจึงพยายามหาทางรอดด้วยการพิสูจน์ตัวเองให้รัฐบาลเห็นว่า ศาสนาพุทธนั้นมีประโยชน์ต่อการปกครองเป็นอย่างยิ่ง จึงตีความและเผยแพร่คำสอนหนุนนำลัทธิทหารนิยมอย่างสุดตัว ถึงขั้นลงไปช่วยเป็นกำลังใจในสมรภูมิ รัฐบาลเมจิจึงพึงพอใจเปิดช่องให้ศาสนาพุทธได้เติบโตอีกครั้ง
อย่างไรก็ดี ในบรรดาพระสงฆ์ชาวญี่ปุ่นทั้งปวงยังมีพระสงฆ์กลุ่มเล็ก ๆ ที่กล้าหาญลุกขึ้นมาต่อต้านแนวคำสอนกระแสหลัก และเคลื่อนไหวเรียกร้องความเป็นธรรมให้สังคมจนต้องข้อหาเป็นกบฏและต้องโทษตาย โดยในกลุ่มพระสงฆ์ที่ต้องโทษประหารในคราวนั้น มีพระเพียงรูปเดียวเท่านั้นที่ไม่ได้รับการลดโทษและต้องรับโทษประหารจริง ๆ ก็คือ อุจิยามะ กูโด (Uchiyama Gudo)
ข้อมูลจากหนังสือ Zen at War โดย ไบรอัน ไดเซ็น วิกตอเรีย (Brian Daizen Victoria, นักวิชาการพุทธศาสนาและพระในนิกายเซน) ระบุว่า พระอุจิยามะเกิดเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 1874 เป็นลูกคนโตของครอบครัวมีพี่น้องรวมกัน 4 คน มีชื่อเดิมก่อนบวชว่า เคอิคิจิ (Keikichi) บ้านเกิดของเขาอยู่ที่หมู่บ้านโอจิยะในจังหวัดนีงาตะ มีพ่อเป็นช่างไม้ที่เชี่ยวชาญด้านการแกะสลักพระพุทธรูป และเขาเองก็ได้รับสืบทอดวิชามาและได้สร้างพระพุทธรูปแกะสลักประดิษฐานไว้ในวัดที่รินเซนจิ (Rinsenji) ที่เขาจำวัดอยู่ ซึ่งทุกวันนี้ก็ยังคงได้รับการบูชาจากชาวบ้านในละแวกนั้น
ตอนเด็กพระอุจิยามะเป็นเด็กเรียนดีจนได้รับรางวัลจากผู้ว่าราชการจังหวัด แต่เขาสูญเสียพ่อไปตั้งแต่อายุได้เพียง 16 ปี และในปี 1897 เขาก็ตัดสินใจออกบวชศึกษาและปฏิบัติพระธรรมในวัดสายโซโตเซ็นหลายแห่ง (Soto Zen - สายหนึ่งของนิกายเซ็นเน้นการฝึกสมาธิ) ก่อนได้เป็นเจ้าอาวาสวัดรินเซนจิ (Rinsenji) ในปี 1904
วัดแห่งนี้เป็นเพียงวัดเล็ก ๆ ในหมู่บ้านชนบทที่ยากจน นอกจากวิหารมุงจากแล้ว สมบัติในวัดก็เห็นจะมีเพียงต้นไม้สองต้นคือต้นเกาลัดและต้นพลับ ซึ่งมีประเพณีประจำหมู่บ้านว่า เมื่อต้นไม้ทั้งสองออกผลเก็บได้ เจ้าอาวาสก็จะเอามาแบ่งแจกจ่ายให้กับชาวบ้านเท่า ๆ กัน ไอเดียการปฏิรูปสังคมและระบบทรัพย์สินของพระอุจิยามะโดยเฉพาะการปฏิรูปที่ดินจึงเริ่มต้นขึ้นมาจากประสบการณ์ตั้งแต่วัยเด็ก รวมถึงจารีตประเพณีในหมู่บ้านเล็ก ๆ ในญี่ปุ่น และวิถีปฏิบัติของสงฆ์ในจีนที่เขาเคยได้เดินทางไปศึกษาและปฏิบัติธรรม
"เมื่อเรานึกถึงครั้งที่นักบวชในนิกายของเราต้องไปบำเพ็ญตนที่จีนคราวก่อนนั้น เราจึงระลึกได้ว่ามันเป็นสิ่งที่งดงามเพียงใด ที่นี่มีนักบวชอยู่ราวสองสามร้อยรูปอาศัยอยู่ในที่เดียวกัน เวลาเดียวกัน ใช้ชีวิตแบบชุมชนด้วยการแบ่งปัน สวมเสื้อผ้าแบบเดียวกัน กินอาหารเหมือนกัน เราเชื่อว่าถ้านี่สามารถนำไปปรับใช้กับหมู่บ้าน ตำบล หรือประเทศใดก็ตาม มันจะเป็นการสร้างระบบที่ดีเยี่ยมที่สุดขึ้นมา" พระอุจิยามะกล่าว
พระอุจิยามะเชื่อว่า ต้นตอปัญหาความยากจนเกิดมาจากระบบเศรษฐกิจที่ไม่เป็นธรรม เมื่อปัจเจกชนกลุ่มเล็ก ๆ เป็นผู้ครอบครองที่ดินส่วนใหญ่ ขณะที่ชาวบ้านในชนบทมีฐานะเป็นเพียงผู้เช่า เขาจึงกลายมาเป็นผู้ผลักดันการปฏิรูปที่ดินอย่างแข็งขัน โดยได้แบบอย่างการใช้ชีวิตของพระสงฆ์ (ในอุดมคติ) ที่ไม่มีทรัพย์สินส่วนตัวเป็นแบบอย่างในการปฏิรูป
ในปี 1904 พระอุจิยามะยังได้เรียนรู้ถึงระบบสังคมนิยมทางโลกผ่านหนังสือพิมพ์ที่ชื่อ Heimin Shimbun หรือ "ข่าวสารสามัญชน" สื่อที่รณรงค์เพื่อการปฏิรูปตามอุดมการณ์สังคมนิยม ซึ่งพระอุจิยามะกล่าวว่ามันเป็นหลักการเดียวกันกับที่เขาเชื่อมั่นมาก่อน ก่อนที่เขาเองจะกลายมาเป็นนักสังคมนิยมแบบอิสรนิยม (anarcho-socialism)
พระอุจิยามะยังไม่เห็นด้วยกับการเอาเรื่อง “กรรมเก่า” ที่ชาวพุทธเชื่อกันมาให้ความเป็นธรรมกับโครงสร้างสังคมที่เหลื่อมล้ำโดยกล่าวว่า "[ความยากจน] นี่เป็นผลจากกรรมอันชั่วร้ายที่คนได้เคยทำไว้ในอดีตอย่างที่ชาวพุทธเชื่อถือจริงหรือ? ฟังนะสหายถ้าถึงตอนนี้ที่เข้าศตวรรษที่ 20 แล้ว คุณยังจะเชื่อเรื่องเหนือธรรมชาติแบบนี้อยู่ คุณก็ไม่ได้ดีไปกว่าวัวหรือม้าหรอก คุณพอใจแบบนี้แล้วเหรอ?"
การเคลื่อนไหวของ Heimin Shimbun ตกเป็นเป้าสายตาของทางการเป็นอย่างมาก ในขณะที่พระอุจิยามะก็เข้าไปมีปฏิสัมพันธ์กับสื่อแห่งนี้มากขึ้น เคยเขียนความเห็นไปลงตีพิมพ์ ก่อนที่รัฐบาลจะใช้กฎอัยการศึกสั่งยกแท่นพิมพ์ปิดสำนักข่าวไปในปี 1905 (ซึ่งขณะนั้นญี่ปุ่นยังทำสงครามกับรัสเซียไม่จบ) และจากนั้นขบวนการสังคมนิยมก็ถูกเล่นงานอย่างหนักจนไม่สามารถประกอบกิจกรรมใด ๆ ในที่แจ้งได้อีกต่อไป
ถึงปี 1908 พระอุจิยามะจึงได้เดินทางไปพบกับอดีตบรรณาธิการ Heimin Shimbun และได้ติดต่อหาซื้ออุปกรณ์สำหรับพิมพ์หนังสือเพื่อขนไปทำโรงพิมพ์ใต้ดินที่วัดของเขาเอง เพื่อใช้เป็นแหล่งเผยแพร่แนวคิดสังคมนิยม โดยงานที่มีชื่อเสียงที่สุดของเขาก็คือ อนุสรณ์รำลึกการจองจำ: การปฏิวัติของคอมมิวนิสม์อิสรนิยม (In Commemoration of Imprisonment: Anarcho-Communism-Revolution) ซึ่งวิจารณ์ทั้งผู้นำชาวพุทธที่ให้การสนับสนุนรัฐบาลในการกดขี่ราษฎร รวมไปถึงรัฐบาลเมจิโดยเฉพาะหัวใจของระบอบคือ "จักรพรรดิ" ซึ่งน่าจะเป็นสาเหตุสำคัญทำให้เขาถูกจับกุมและต้องโทษถึงประหารชีวิต
พระอุจิยามะวิจารณ์ว่า "ปลิงสามตัวที่ดูดเลือดประชาชนอยู่ประกอบด้วย: จักรพรรดิ คนรวย และเจ้าที่ดิน...จักรพรรดิซึ่งเป็นหัวหน้าใหญ่ของรัฐบาลในปัจจุบันไม่ใช่บุตรของเทพเจ้าอย่างที่ครูประถมของคุณพร่ำสอนและหลายคนก็เชื่อกัน บรรพบุรุษของจักรพรรดิองค์ปัจจุบันอพยพมาจากมุมหนึ่งของคิวชู ฆ่าและปล้นทรัพย์ชาวบ้านมาตลอดทางจากนั้นก็ฆ่าโจรด้วยกันอย่าง นากาซูเนะ-ฮิโกะ [Nagasune-hiko - ผู้นำท้องถิ่นคนหนึ่งร่วมสมัยกับจักรพรรดิองค์แรกในตำนานของญี่ปุ่น] และคนอื่น ๆ ...ถ้าคุณฉุกคิดสักนิดมันก็ชัดเจนว่าจักรพรรดิมิใช่พระเจ้า
"เมื่อพูดว่า [ราชวงศ์จักรพรรดิ] มีการสืบสายเลือดต่อมาถึง 2,500 ปี มันอาจทำให้คิดได้ว่า [จักรพรรดิ] เป็นเทพเจ้าแต่สืบย้อนลำดับลงไปจักรพรรดิหลายองค์ต้องถูกกดขี่โดยคู่แข่งทางอำนาจทั้งจากภายนอกและภายใน ถูกปฏิบัติเหมือนเป็นเพียงหุ่นเชิดโดยขุนนางของตัวเอง...แม้ว่านี่จะเป็นข้อเท็จจริงที่รู้กันดี แต่ศาสตราจารย์มหาวิทยาลัยและลูกศิษย์ลูกหาที่ขลาดเขลาต่างไม่ยอมพูดหรือเขียนอะไรเกี่ยวกับเรื่องนี้ ในทางกลับกันพวกเขาพยายามหลอกลวงทั้งตัวเองและคนอื่น ทั้งที่รู้อยู่ตลอดว่ามันเป็นเรื่องโกหก"
เอกสารชิ้นนี้ถูกพิมพ์ขึ้นเป็นจำนวนราวหนึ่งถึงสองพันฉบับสร้างทั้งความแตกตื่นและตื่นเต้นให้กับผู้ที่พบเห็นที่บ้างก็รีบเอาไปเผาด้วยความหวาดกลัว บ้างก็เอาไปเผยแพร่ให้คนใกล้ชิดได้ดู ก่อนที่บางส่วนจะตกไปถึงมือตำรวจ และพระอุจิยามะก็ถูกจับกุมในวันที่ 24 พฤษภาคม 1909 เบื้องต้นเขาถูกตั้งข้อหาละเมิดกฎหมายว่าด้วยการพิมพ์และเผยแพร่ข้อมูล ทำให้พระอุจิยามะเชื่อว่าอย่างดีเขาก็คงโดนเพียงโทษปรับเท่านั้น
แต่เมื่อเจ้าหน้าที่ตำรวจเข้าตรวจค้นวัดรินเซนจิก็ได้พบกับระเบิดไดนาไมต์ 12 แท่ง วุ้นระเบิด (explosive gelatin) อีก 4 ถุง พร้อมชนวนจุดระเบิด ทำให้เขาถูกตั้งข้อหาหนัก แม้ว่า คาชิวากิ ริวโฮ (Kashiwagi Ryuho) นักวิจารณ์สังคมร่วมสมัยกล่าวว่า ระเบิดที่ตรวจพบในวัดของพระอุจิยามะนั้นจริง ๆ ไม่ได้มีไว้ปองร้ายผู้ใด หากแต่เป็นระเบิดที่ถูกนำมาฝากไว้เพื่อจะนำไปใช้เปิดพื้นที่สร้างทางรถไฟบริเวณเขาฮาโกเนะที่อยู่ระหว่างการก่อสร้างในขณะนั้น
อย่างไรก็ดี ศาลชั้นต้นได้ตัดสินให้พระอุจิยามะมีความผิดทั้งข้อหาเกี่ยวกับการพิมพ์และเผยแพร่เอกสารหมิ่นจักรพรรดิและข้อหาครอบครองอาวุธระเบิดให้ลงโทษจำคุกเป็นเวลา 12 ปี เมื่อถึงชั้นอุทธรณ์จึงได้ลดโทษเหลือ 7 ปี
ด้านองค์กรปกครองสงฆ์สายโซโตเซ็นเมื่อทราบข่าวก็รีบปลดเขาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาส ในวันที่ 6 กรกฎาคม 1909 ก่อนจะประกาศให้เขาพ้นจากสถานะสมณภาพในวันที่ 21 มิถุนายน 1910 (แต่เขาก็ยังเรียกตัวเองอย่างพระต่อไปจนวาระสุดท้าย)
และก่อนหน้านั้นไม่นาน (พฤษภาคม 1910) เจ้าหน้าที่ตำรวจก็สามารถจับกุมนักสังคมนิยมจำนวนหนึ่งพร้อมอาวุธระเบิดทำให้มีการตั้งคดีเชื่อมโยงว่า เครือข่ายฝ่ายซ้ายกำลังวางแผนใช้กำลังล้มเจ้า และพระอุจิยามะก็ถูกร่างแหเข้าไปด้วยแม้ว่าเขาจะยังอยู่ในคุกมาเกือบหนึ่งปีแล้วก็ตาม
ในคดีหลังนี้ เจ้าหน้าที่ตั้งข้อหาก่ออาชญากรรมต่อราชบัลลังก์กับผู้ต้องสงสัย 26 ราย ซึ่งมีโทษสูงสุดถึงตาย โดยอ้างว่า ผู้ต้องหาวางแผนปองร้ายสมาชิกราชวงศ์ แม้ว่าจะยังมิได้เริ่มลงมือเลยก็ตาม
เมื่อคดีไปถึงศาล จำเลยรายหนึ่งยอมรับสารภาพต่อศาลว่าได้วางแผนกับผู้สมรู้ร่วมคิดอีกสามรายเท่านั้น จำเลยอื่น ๆ รวมถึงพระอุจิยามะหาได้มีส่วนเกี่ยวข้องด้วยไม่ แต่ศาลไม่รับฟัง พนักงานอัยการยังอ้างถึงคดีเก่าของพระอุจิยามะว่าเขาเป็นคนที่เขียนหนังสือที่ชั่วร้ายที่สุดในประวัติศาสตร์และในงานอีกชิ้นยังเขียนเรียกร้องให้ทหารเกณฑ์หนีทัพยกกรมกอง ซึ่งแม้จะเป็นการชี้ชวนให้ราษฎรกระด้างกระเดื่องต่ออำนาจรัฐ แต่นั่นก็ไม่ควรใช้เป็นหลักฐานได้ว่า พระอุจิยามะมีส่วนร่วมกับการวางแผนปองร้ายต่อราชวงศ์
หลังพิจารณาคดีได้เพียงราวหนึ่งเดือน ในวันที่ 18 มกราคม 1911 ศาลก็มีคำพิพากษาว่าจำเลยทั้งหมดมีความผิดจริง โดยให้ประหารชีวิตจำเลย 24 จาก 26 ราย ซึ่งใน 24 รายนี้รวมถึงพระอุจิยามะและพระสงฆ์อีกสามรูปด้วย ก่อนที่วันต่อมาจะมีการอภัยโทษให้กับนักโทษ 12 ราย โดยให้ลดโทษจากโทษตายเหลือจำคุกตลอดชีวิต ซึ่งพระสามรูปนอกจากพระอุจิยามะล้วนได้รับอภัยโทษ ทำให้พระอุจิยามะเป็นพระเพียงรูปเดียวที่ต้องรับโทษตายจากคดีในครั้งนี้
การประหารชีวิตเกิดขึ้นในวันที่ 24 มกราคม ปีเดียวกัน หรือเพียง 6 วันหลังศาลมีคำพิพากษา แสดงถึงความเร่งรีบในการกำจัดผู้ที่มีความเห็นตรงข้ามกับรัฐบาลโดยเฉพาะการไร้ศรัทธาในสถาบันหลัก ซึ่งในสายตานักชาตินิยมที่ยกให้จักรพรรดิเป็นศูนย์กลาง ถือว่าเป็นอาชญากรรมที่ร้ายแรงยิ่งกว่าการฆ่าคนจริง ๆ
ต่อมาในปี 1993 หลายสิบปีหลังการประหารชีวิตพระอุจิยามะ องค์กรสงฆ์สายโซโตเซ็นที่เคยสั่งให้พระอุจิยามะพ้นจากสมณภาพ ก็ได้ออกประกาศคืนสถานะความเป็นพระให้กับพระอุจิยามะอีกครั้ง โดยให้เหตุผลว่า คำสั่งถอนสถานะในอดีตนั้นเกิดจากความผิดพลาดเนื่องจากถูกกดดันด้วยนโยบายของรัฐบาลในยุคนั้น
"ตอนนี้เรารู้แล้วว่า [อุจิยามะ] กูโด คือเหยื่อของนโยบายชาติในสมัยนั้น...ระเบิดไดนาไมต์ที่พบในวิหารของเขาถูกเก็บรักษาไว้โดยกิจการรถไฟที่เตรียมวางรางผ่านเทือกเขาฮาโกเนะซึ่งเขามิได้มีส่วนเกี่ยวข้องด้วย...คำสั่ง [เดิม] ของทางคณะสงฆ์เป็นไปเพื่อวางตัวเองให้อยู่ในแนวทางเดียวกับสถาบันผู้ถืออำนาจภายใต้อิทธิพลระบอบจักรพรรดิ ซึ่งมิได้ออกแบบมาเพื่อปกป้องคุณลักษณะความเป็นพุทธของพระสงฆ์ในคณะแต่อย่างใด" ส่วนหนึ่งจากประกาศของคณะสงฆ์โซโตเซ็นเมื่อเดือนกรกฎาคม 1993 ระบุ
ทั้งนี้ พระวิกตอเรีย (ผู้เขียนเรื่อง Zen at War) ให้ความเห็นว่า ข้ออ้างของฝ่ายที่ให้ความเห็นว่า ระเบิดที่พบในวัดของพระอุจิยามะมีไว้ใช้ทำทางรถไฟนั้นเป็นการอ้างขึ้นลอย ๆ ขาดหลักฐานอื่นสนับสนุน เขาเองก็ไม่แน่ใจว่า พระอุจิยามะเป็นผู้เก็บระเบิดไว้เองหรือไม่? มีไว้เพื่ออะไร? จึงไม่กล้าบอกว่า ศาลตัดสินผิด
แต่จากข้อมูลของพระวิกตอเรียเอง เห็นได้ว่าการพิจารณาคดีครั้งนี้มีปัญหาความโปร่งใสในกระบวนการยุติธรรมอย่างชัดเจน เพราะการพิจารณาคดีเป็นไปอย่างลับ ๆ ไม่อนุญาตให้สาธารณะเข้าถึง ห้ามการรายงานข่าวโดยอ้างว่าจะเป็นภัยต่อความสงบเรียบร้อยของสังคม ทั้งยังเร่งรีบลงโทษประหารจนผิดวิสัย และยังไม่ยอมให้มีการรื้อคดีขึ้นมาพิจารณาใหม่เมื่อญาติผู้เสียหายร้องเรียนขึ้นในปี 1975 โดยอ้างว่าไม่เหลือเอกสารประกอบคดีอยู่แล้ว เนื่องจากถูกทางการทำลายไปก่อนแล้ว จึงชัดเจนว่า ผู้ต้องหาทั้งหมดไม่ได้รับความเป็นธรรมในการพิจารณาคดีไม่ว่าข้อเท็จจริงจะเป็นเช่นใดก็ตาม