นักพนัน-พ่อค้าหาบเร่แผงลอย รากเหง้าดั้งเดิมของยากูซาและชื่อที่มาจากไพ่ป๊อก
"ยากูซา" หรือมาเฟียในแบบญี่ปุ่น เป็นองค์กรของกลุ่มคนที่หากินด้วยวิธีการนอกกฎหมาย ทั้งการข่มขู่เก็บค่าคุ้มครอง การค้ายาเสพติด การค้ามนุษย์ การพนัน การผลิตสื่อลามก การปล่อยกู้โดยเรียกดอกเบี้ยมหาโหด หรือการฉ้อโกง ต้มตุ๋นในลักษณะต่าง ๆ พวกเขายังมีธรรมเนียมปฏิบัติเฉพาะตัว ไม่ว่าจะเป็นพิธีกรรมในการเข้าร่วม หรือการปกครององค์กร รวมไปถึงการสักที่ทำให้ผู้คนเห็นแล้วรู้ได้ทันทีว่าพวกเขาเป็นใคร
ความเป็นมาของยากูซานั้น จากการศึกษาของ บรูซ เอ. เกรเกิร์ต (Bruce A. Gragert, รายงานเรื่อง Yakuza: The Warlords of Japanese Organized Crime) ระบุว่า องค์กรยากูซาน่าจะก่อตัวขึ้นราวกลางศตวรรษที่ 18 ซึ่งยังอยู่ในยุคเอโดะ (ยุคที่ญี่ปุ่นตกอยู่ใต้การปกครองของโชกุนตระกูลโทกูงาวะ) โดยแบ่งได้เป็นสองกลุ่มหลัก
กลุ่มแรกคือพวกพ่อค้าหาบเร่ที่นิยมเอาสินค้าคุณภาพต่ำมาหลอกขายหรือข่มขู่ให้ชาวบ้านซื้อด้วยเล่ห์กลต่าง ๆ เรียกกันว่า เทกิยะ (tekiya) กับพวกนักพนันหรือ บาคูโตะ (bakuto) คนพวกนี้จะเร่ร่อนไปหากินตามตลาดหรืองานเทศกาลในท้องถิ่นต่าง ๆ สมาชิกกลุ่มก็มีทั้งโรนินหรือซามูไรไร้สังกัด พวกไม่รู้จักทำมาหากินตามปกติ หรือชนชั้นต่ำที่ถูกกีดกันและเลือกปฏิบัติ ซึ่งตัดสินใจเข้ามารวมตัวกันจัดตั้งองค์กรมีการปกครองเป็นลำดับชั้น และมีการกำหนดเขตอิทธิพลของแต่ละกลุ่ม
พวกเทกิยะจะว่าไปก็คล้าย ๆ กับมาเฟียแผงลอยในเมืองไทย เนื่องจากคนกลุ่มนี้จะวางตัวเป็นผู้ควบคุมการตั้งแผงลอยตามงานวัดและเทศกาลต่าง ๆ แล้วเรียกเก็บเงินค่าหัวคิว และค่าคุ้มครองจากพ่อค้าแม่ค้าที่เอาสินค้ามาวางขาย หากใครไม่ยอมจ่ายพวกเขาก็จะไม่รับรองความปลอดภัยที่จะเกิดขึ้นกับทั้งตัวคนขายและสินค้า ซึ่งวิธีการทำมาหากินแบบนี้ก็ยังสืบทอดมาถึงยากูซาในยุคปัจจุบัน
วิธีหากินลักษณะนี้ของเทกิยะจึงถือว่าอยู่ในเขต "สีเทา" เหมือนการจ้างผู้รักษาความปลอดภัยซึ่งเป็นงานอยู่ในโซนสีขาว แต่มีการข่มขู่คุกคามซึ่งเป็นกิจกรรมในโซนสีดำปนอยู่ด้วย แต่รัฐบาลโชกุนในยุคกลางศตวรรษที่ 18 เลือกที่จะมองข้ามคุณลักษณะในข้อหลัง และให้ท้ายพวกเทกิยะด้วยการมอบอำนาจและบรรดาศักดิ์ให้กับกลุ่มหัวหน้าเทกิยะ ด้วยหวังจะให้พวกเขาปกครองและควบคุมกันเอง
ส่วนพวกบาคูโตะก็มีภาครัฐส่งเสริมเช่นกัน แม้ว่าการพนันจะผิดกฎหมายแต่รัฐก็ขาดกลไกและกำลังคนที่จะปราบปรามได้อย่างเด็ดขาดก็เลยต้องเอาหูไปนาเอาตาไปไร่บ้าง แถมขุนนางที่ดูแลเรื่องชลประทานและการก่อสร้างต่าง ๆ ยังกลายมาเป็นนายของพวกบาคูโตะเสียเอง เนื่องจากในโครงการแต่ละโครงการจำเป็นต้องใช้เงินจำนวนมากหมดไปกับการจ้างแรงงาน ขุนนางหัวใสจึงจ้างพวกบาคูโตะไปตั้งโต๊ะรับพนันหลอกกินเงินจากแรงงานเพื่อประหยัดค่าจ้างได้อีก
และบาคูโตะก็ยังเป็นต้นตอของธรรมเนียมหลายอย่างของยากูซาในปัจจุบันทั้งการตัดนิ้ว การสัก รวมถึงที่มาของคำว่า "ยากูซา" เนื่องจากเชื่อกันว่า คำนี้น่าจะมาจากชื่อของชุดไพ่ที่แย่ที่สุดในเกมไพ่สามใบ (ซึ่งน่าจะได้แบบมาจากพวกโปรตุเกสที่เริ่มเข้ามาตั้งแต่ศตวรรษที่ 16) มีกติกาคล้าย ๆ กับ “ไพ่ป๊อก” ที่ต้องรวมไพ่สามใบให้ใกล้แต้มสูงสุดคือ "9" ถ้ารวมกันแล้วถึงหลักสิบให้ถือหลักหน่วยเป็นแต้มที่ได้ (เช่น ได้ไพ่ 2-9-5 รวมเป็น 16 แต้มที่ได้คือ "6") ถ้าหากผู้เล่นได้ไพ่ 8-9-3 (ซึ่งออกเสียงเป็นภาษาญี่ปุ่นว่า ya-ku-sa) รวมเป็น 20 แต่แต้มที่ได้คือ "0" จึงถือว่าเป็นชุดไพ่ที่ "ไร้ค่า" ที่สุด พวกบาคูโตะจึงเอาคำว่า “ยา-กู-ซา” มาใช้เรียกตัวเองเพื่อหลอกล่อให้ชาวบ้านเข้ามาเล่นโดยชี้นำว่าตัวเองเป็นพวกขี้แพ้ที่ถือไพ่แย่ ๆ เป็นประจำ (The Japan Times)
(ในขณะที่ยากูซาสมัยนี้เลือกที่จะเรียกตัวเองว่า นินเคียวดันไต [ninkyo dantai] หรือสมาคมของสุภาพบุรุษ ส่วนตำรวจเลือกที่จะใช้คำว่า โบเรียวคุดัน [boryokudan] หรือพวกใช้ความรุนแรง)
เมื่อเข้าสู่ศตวรรษที่ 20 สังคมญี่ปุ่นพัฒนาเข้าสู่ยุคสมัยใหม่ ยากูซาก็ขยายบทบาทเพื่อเติมช่องว่างให้กับความต้องการใหม่ ๆ ที่มาพร้อมกับการพัฒนาทางเศรษฐกิจและสังคม อย่างเช่น เป็นนายหน้าจัดหาแรงงานไปทำงานก่อสร้าง หรือท่าเรือต่าง ๆ มีการจัดตั้งกิจการสุจริตเพื่อบังหน้าธุรกิจผิดกฎหมายอื่น ๆ อย่างการพนันของพวกบาคูโตะ และการเรียกเก็บค่าคุ้มครองจากแผงลอยและร้านค้าของพวกเทกิยะ พร้อมกับการสร้างธรรมเนียมการติดสินบนเจ้าหน้าที่ที่สืบทอดมาจนถึงปัจจุบัน
แต่เมื่อเข้าสู่ศตวรรษที่ 21 ทางการญี่ปุ่นก็พยายามขจัดอิทธิพลของยากูซาอย่างจริงจังมากขึ้น แม้องค์กรยากูซาจะยังถูกกฎหมาย แต่ชุดกฎหมายที่ออกมาเพื่อต่อต้านกลุ่มยากูซาในปี 2011 ซึ่งห้ามมิให้กลุ่มธุรกิจหรือประชาชนเข้าไปยุ่งเกี่ยวกับกลุ่มยากูซา ใครฝ่าฝืนจะถูกเปิดโปงต่อสาธารณะ และอาจต้องรับโทษทางอาญาด้วย ส่งผลให้พวกยากูซาได้รับผลกระทบอย่างหนัก ตัวเลขยากูซาจากสำนักงานตำรวจแห่งชาติของญี่ปุ่นระบุว่า ในปี 1963 เคยมีมากถึง 184,100 คน แต่ถึงปี 2014 ตัวเลขได้ลดลงเหลือเพียง 53,500 คน เท่านั้น (The Japan Times)
ทั้งนี้ แม้ยากูซาจะคลุกคลีอยู่กับธุรกิจสีเทาและสีดำ แต่พวกเขาก็มีความเกี่ยวพันกับชุมชนค่อนข้างมากเนื่องจากพวกเขามักจะทำหน้าที่ตรวจตราความปลอดภัยตามงานวัด และเทศกาลต่าง ๆ และในคราวที่เกิดภัยพิบัติ ยากูซาก็ยังเข้าไปช่วยบำบัดทุกข์บำรุงสุขให้กับราษฎร อย่างเช่น เหตุการณ์แผ่นดินไหวที่โกเบในปี 1995 และเหตุการณ์ซึนามิในปี 2011 ทำให้ประชาชนบางส่วนเห็นประโยชน์ของการมียากูซา
โดยลืมไปว่า ค่าใช้จ่ายทั้งโดยตรงและค่าใช้จ่ายแฝงของการมียากูซา ไม่ว่าจะเป็นเงินค่าคุ้มครองของกิจการร้านค้าที่เสียไป ความเสียหายต่อระบบเศรษฐกิจจากการฉ้อโกง ความเสียหายในทรัพย์สินสืบเนื่องจากความรุนแรง การทุ่มเงินให้กับกิจการดูแลความปลอดภัยเพื่อป้องปรามกิจกรรมต่าง ๆ ของยากูซา นี่คือค่าใช้จ่ายที่สังคมต้องเสียไปเป็นจำนวนมหาศาล แทนที่จะได้เอาไปใช้ลงทุนให้เป็นประโยชน์ต่อสังคมโดยรวม ในขณะที่ยากูซาฉวยโอกาสออกมาสร้างภาพเพียงไม่กี่ครั้ง ก็สามารถเรียกเสียงแซ่ซ้องให้เก็บองค์กรที่สูบเลือดสูบเนื้อประชาชนตลอดเวลาได้